Amethist heeft een beschermende en zuiverende werking. De steen bevordert zelfinzicht en helpt je om eerlijk te zijn naar jezelf toe over gedrag dat schadelijk kan zijn en niet in dienst is van je hoogste zelf. Het helpt je bijvoorbeeld om verslavingen te onderkennen en aan te pakken. Daarnaast geeft de steen ook inzicht in emotionele processen waardoor bepaalde (pijnlijke) ervaringen verwerkt kunnen worden en ook vermijdend gedrag op dit vlak veranderd kan worden. Amethist is vanwege haar reinigende werking ook heel geschikt om een ruimte te zuiveren. Samen met bergkristal en rozenkwarts creëert het een harmonische sfeer. Omdat het de bovenste chakra’s stimuleert, kan het de intuïtie, spirituele groei en inzichten bevorderen, zeker voor mensen die aan het begin staan van hun spirituele pad. Amethist heeft ook een reinigende werking op het lichaam en een positieve invloed op het zenuwstelsel, hoofdpijn en migraine en nachtmerries en andere slaapproblemen.
De kwarts in amethistkwarts versterkt de werking van de amethist.